지하철에서 위험에 빠진 시민을 구하려다 죽음을 당한 고등학생 ‘카토’는 어느 방 안에서 눈을 뜬다. 죽은 사람들이 모여 있는 방 안에 나타난 정체 모를 검은 구체 ‘간츠’. 그리고 ‘간츠’가 남긴 미션.
‘제한 시간 내에 괴생명체들과의 전투에서 살아 남아 100점이 걸린 최종보스를 제거하라!’
홀로 남은 동생에게 돌아가기 위해 카토는 오사카 도심을 공격한 괴물에 맞서 싸우지만, 그와 ‘레이카’ 가 속한 도쿄팀은 열세에 몰리고, 때마침 ‘안즈’를 비롯해 ‘조지’, ‘무로야, ‘오카’까지 막강한 에이스가 모인 오사카팀과 조우한다. 그러나 최종보스 ‘누라리횬’의 등장으로 간츠팀은 역대 최악의 상황에 놓이는데..