시간을 거슬러올라가 미니특공대 탄생의 이야기! 미니특공대 연구소의 제레미 박사는 엄청난 위력의 에너지를 가지고 있는 물질 ‘엘리늄’을 연구하고 있다. 반면, 도마뱀 군단의 대장 제우스는 엘리늄으로 강력한 무기를 만들어 인간세상까지 위협할 계획으로 미니특공대 연구소를 습격해 엘리늄을 빼앗고 만다. 이에 엘리늄 탈환을 위해서 본부는 최정예요원으로 구성된 팀을 만들기로 결정하는데. 각각 다른 지역에서 활약 중이던 볼트와 새미, 맥스, 루시가 한 자리에 모이게 된다! 제레미 박사의 딸 안나와 함께 도마뱀 군단에 맞서는 미니특공대! 하지만 도마뱀 군단의 음모에는 상상도 못할 비밀이 숨겨져 있었는데…