시간보다 오래된 어둠의 존재가 나타나 경이로운 녹색의 시대를 파괴하기 위해 공격을 시작한다.

그러나 프라이를 제외한 플래닛 익스프레스 승무원들은 각자 나름의 문제점들을 안고 있어 그런 공격에 대응할 처지가 못된다.

프라이만이 이 거대하고 비밀스러운 임무를 수행해 우주를 구할 유일한 희망이다.