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앤디가 카우보이 캠프에 간 동안 앤디의 어머니는 벼룩 시장을 열고 앤디의 장난감 중 위지가 팔려가게 될 운명이 되자 어깨 부상을 입은 우디는 위지를 구하러 간다.

그러나 우디(톰 행크스)는 토이 수집가 알에게 유괴당한다. 우디는 원래 제시(조앤 큐잭)와 스팅키와 한 세트로 셋이 모이면 일본의 토이 박물관에 갈 수 있다.

알은 우디를 새 것처럼 고쳐주고 제시와 스팅키는 우디와 함께 박물관으로 갈 것을 우디에게 요청한다.

앤디와 토이 친구들을 생각하며 처음엔 거절했으나 우디는 그들과 함께 박물관으로 가기로 한다.

그러나 이 사실을 모르는 버즈와 토이 친구들은 구조대를 결성해 우디를 구하러 간다.